В 3D-модуле сочетаются 2 подхода в единой среде моделирования. Параметрическое моделирование служит для создания новых модификаций, исполнений отдельных деталей и изделий в целом на основе ранее созданной геометрии посредствам изменения числовых значений. Прямое моделирование предоставляет широкие возможности для воплощения современных идей при прототипировании и оптимизации конструкторских моделей. Грамотное комбинирование этих двух технологий в nanoCAD открывает новые горизонты в проектировании на любом уровне и даёт свободу для инженерного творчества при сохранении точности и практичности.
Удобство навигации при работе с 3D-графикой в системе также обеспечивают имеющиеся инструменты для ориентации трехмерной геометрии в пространстве: 3D-Перемещение, 3D-Поворот, 3D-выравнивание. Настройка, позволяющая переключаться со свободной орбиты на ограниченную, предоставляет возможности комфортной работы с 3D-объектами в любой сфере проектирования: как в строительстве, так и в машиностроении, а также в нефтегазовой отрасли и других областях промышленного и гражданского проектирования.